127 communes se situent sur le bassin de la Boutonne, dont 51 en Deux-Sèvres et 76 en Charente-Maritime.

Ce sont des acteurs locaux importants du territoire qui sont représentés au sein de la CLE dans le collège des élus représentant au moins 50% des membres.

Leurs actions d'aménagement au niveau de l'urbanisme et de l'aménagement, de la voirie, ou de traitement de l'eau à travers les services d'assainissement collectifs et non collectifs, l'entretien des espaces verts, ont un effet direct sur la qualité des eaux du bassin. De plus, elles adhéraient pour la plupart, avant la réforme GEMAPI, aux différents syndicats de rivières agissant sur la Boutonne et sont donc impliquées depuis de longue date dans la gestion de l'eau et des milieux aquatiques.

Certaines ont également une compétence de production et/ou distribution d'eau potable, ou adhèrent à des syndicats tels que le Syndicat départemental AEP de Charente-Maritime ou le Syndicat Mixte d'Alimentation en Eau potable 4B sur la partie amont du bassin pour les principaux.

Par ailleurs, la Compagnie d'Aménagement des Eaux des Deux-Sèvres (CAEDS) ou le SERTAD apportent également leurs compétences pour l'eau potable, les eaux usées et pluviales.