Une vingtaine d'industries répertoriées à la DREAL et ICPE sont présentes sur le bassin. Cet usage représente une part relativement faible en termes de prélèvement d’eau sur le bassin.
Le parcours de la Boutonne, à l'amont de Saint-Jean-d'Angély alimentait au XIXème siècle près de 180 moulins à grains, à huile, à poudre et à draps.
Le classement en catégories piscicoles des cours d’eau du bassin distingue leur vocation piscicole : salmonicole (1ère catégorie) et cyprino-ésocicole (2è catégorie).
Des chemins de randonnée sont aménagés le long des cours d’eau pour permettre la pratique de ce loisir. Le Conseil Départemental de Charente-Maritime et les inter-communalités travaillent à la coordination de ces différents sentiers pédestres dans le but de créer des itinéraires et promouvoir notammentle territoire des bords de Boutonne.
Le cours de la Boutonne offre de nombreux parcours navigables et très agréables
La Directive Cadre européenne sur l'Eau (DCE)* définit le "bon état" d’une masse d’eau lorsque l’état écologique et l’état chimique de celle-ci sont au moins bons, et en fixe l'atteinte avec une échéance temporelle.
L’état écologique d’une masse d’eau de surface résulte de l’appréciation de la structure et du fonctionnement des écosystèmes aquatiques, déterminé à l’aide d’éléments de qualités : biologiques (espèces végétales et animales), hydromorphologiques et physico-chimiques, appréciés par des indicateurs (par exemple les indices invertébrés ou poissons en cours d’eau).
Sur le bassin de la Boutonne, dans le cadre du nouveau SAGE révisé en 2016, 5 enjeux ont été identifiés et déclinés dans le projet d'aménagement et de gestion des eaux, le projet de territoire Boutonne
1 : Etat quantitatif des masses d’eau superficielles et souterraines
2 : Gestion des crues et du risque inondation
3 : Approche intégrée de la gestion de la ressource en eau et des politiques d’aménagement des territoires
4 : Etat qualitatif des masses d’eau superficielles et souterraines
5 : Fonctionnalités des cours d’eau et des milieux associés
Le schéma ci-dessous en résume les problématiques et leurs inter-dépendances :
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