Elle se déroule en plusieurs phases.

- Un Etat des initial du bassin : état des milieux, recensement des différents usages, des différents acteurs, des principaux pans de l’économie locale…

- Un Diagnostic permettant d'identifier les enjeux importants. La phase tendances et scénarios permet de visualiser l’évolution des territoires selon différentes hypothèses de changement des comportements vis-à-vis des ressouces en eau.

- Une définition des objectifs à atteindre pour améliorer l'état du bassin. Ils doivent tenir compte des trois piliers du développement durable, à savoir les aspects économiques, sociaux et environnementaux.

- Une transcription de ces objectifs dans un programme d'actions. Le SAGE Boutonne compte ainsi 116 mesures répondant aux 6 priorités identifiées par la CLE:

                    1) Restaurer les débits d'étiage sur la Boutonne et les affluents;

                    2) Préserver la qualité de la nappe captive du Lias pour l'alimentation en eau potable;

                    3) Se concentrer sur la répartition des efforts de réduction de pollution :

                              - d'origines agricoles (nitrates, phosphates et phytosanitaires) dans les nappes libres et le cours d'eau

                             - d'origines domestiques (azotée et phosphatée) sur la Boutonne et la Nie

                              - d'origines industrielles sur la Légère

                    4) Préserver et restaurer les écosystèmes aquatiques (entretien des cours d'eau, préservation des milieux humides, protection des berges...);

                    5) Limiter les risques d'inondation sur la Boutonne amont et moyenne (maîtriser l'occupation du lit majeur...)

                    6) Accompagner la régulation des écoulements en situation normale, de crues et d'étiage sur la Boutonne moyenne, à l'aide d'une gestion commune des ouvrages hydrauliques.