Enjeu n°2 du SAGE Boutonne révisé, la restauration des fonctionnalités et de la biodiversité des milieux aquatiques s'inscrit pleinement dans la compétence GEMAPI.

A l'échelle du bassin, les enjeux majeurs recensés sont les suivants, la carte de synthèse ci-après en illustre la répartition par zones prioritaires d'intervention

> Améliorer/ restaurer la qualité hydromorphologique des cours d'eau pour garantir  leur bon état écologique :

 - Améliorer / restaurer la morphologique des cours d’eau

 - Rétablir la continuité écologique

 - Mener une réflexion autour de l’aménagement/effacement des ouvrages transversaux et les objectifs de gestion

 - Inventorier les ouvrages transversaux et mettre en place une gestion coordonnée à l’échelle du bassin versant

> Restaurer les fonctionnalités des milieux associés :

 - Inventorier les milieux humides afin de les restaurer / préserver ainsi que leurs fonctionnalités

 - Favoriser les débordements en zone d’expansion des crues

 - Restaurer/améliorer les axes de migration piscicole

 - Conserver la catégorie piscicole de la Boutonne en préservant/restaurant les zones d’habitats

- Instaurer une politique d’aménagement et d’occupation des sols cohérente avec le fonctionnement des cours d’eau et du bassin versant dans sa globalité
- Mettre en adéquation les politiques de gestion des milieux avec les compétences des maîtres d’ouvrages

Pour répondre à ces enjeux, le SYMBO s'implique au travers de l'exercice de la compétence GEMAPI, des programmes pluriannuels de gestion par sous-bassin, en partenariat avec les autres acteurs sur un aménagement durable et favorisant la reconquête des fonctionnalités et de la biodiversité aquatiques.